Konjenital beyin malformasyonları posterior fossa, orta hat ve kortikal malformasyonlar olmak üzere üç grupta incelenebilir. Posterior fossa malformasyonları görüntüleme, genetik ve gelişimsel biyolojik kriterlere göre sınıflandırılır. Orta hat malformasyonlarının sınıflaması embriyolojik ve genetik köken ortaya çıktıkça değişmektedir. Kortikal malformasyon sınıflaması ise anormal nöronal gelişimin aşamasına göre belirlenir. MRG, malformasyonların yanı sıra ilişkili anomalilerin morfolojisini, dağılımını ve kapsamını göstermede faydalıdır.