Manyetik rezonans görüntüleme (MRG), perianal bölgenin detaylı anatomik görüntülemesini gerçekleştirerek, fistül ile anal sfinkter kompleksinin ilişkisini en iyi gösteren görüntüleme yöntemidir. İkincil ve enfekte traktuslarla abseleri görüntüleyerek, hasta için en iyi tedavinin seçilmesini sağlar, komplikasyon ve rekürrens oranını düşürür. MRG raporunda fistülün yeri ve anal saate göre iç açıklığı belirtilmelidir. Fistülün uzanımı, varsa ek fistül traktusları ve abseler tanımlanmalı, fistül tiplendirilmesi yapılmadır.